从1985年《关于科技体制改革的决定》和《关于科学技术拨款管理的暂行规定》，到1995年中共中央、国务院颁布的《关于加速科学技术进步的决定》，旨在冲击旧的科技体制和传统观念，通过改革体制和拨款制度，开拓技术市场，调整组织结构等措施，使科研院所适应市场经济竞争机制，强调自我发展能力和主动为国民经济建设服务的能力。
1990年2月24日，院（90）计字030号文中明确，将化冶所列为全院40个“实行差额预算管理的技术开发型科研单位”之一，这是拨款制度的重大改革，彻底改变了过去那种“任务国家给、经费国家拨、课题自己选”的传统模式。
1991年3月29日，所领导班子换届，谢裕生任所长，毛铭华、欧阳藩、范绍国任副所长。党委书记毛铭华，副书记韩光发，所长助理陶昌源。新班子接任工作，面临着严峻的挑战和考验。在原有工作的基础上，新班子带领全所职工，转变思想观念，进一步深化改革，调整内部结构，做好分类定位，不断优化组合，为研究所的生存和发展找准了位置。
5.1 调整学科方向，实行战略转移
20世纪90年代，国内产业部门科技队伍迅速崛起，受部门分工和行业垄断影响，化冶所已难于再从自己熟悉的冶金工业找到发展的良机，必须利用自身优势和强项寻求新的发展空间，调整学科方向，实行战略转移。
1992年正式确定学科方向由“化工冶金”调整为“工程化学”，“主要研究多相反应与分离过程中的新理论、新技术、新方法，重点解决生化、资源环境、材料、能源等领域中的共性、关键性问题，开发新材料、新工艺和新设备，使之工程化、工业化”，为国民经济可持续发展作贡献。
5.2 调整结构，深化改革
1992年初，中国科学院提出了研究所必须进行结构调整的要求。遵从院的指示，在调整学科方向的基础上，化冶所进行了大刀阔斧的改革和结构调整。
●调整结构
1993年把13个研究室按学科调整为五个研究部，强化了生化工程国家重点实验室和两个院开放实验室及分离科学与工程青年实验室。课题组由94个缩减为52个，实行分类管理，逐步克服了课题分散、人员分散的状况。
1991年成立了“北京中柯化工冶金新技术开发公司”。
1992年成立了“北京伯美特生化材料工程研究开发中心”。
1993年国家科委批准化冶所与华东理工大学、南京化工大学联合申请的“国家生化工程技术研究中心”北京分中心成立。
●分流人员
1992年，在人教处下设立人员流动站，人员管理引入竞争机制，所有管理部门和课题组人员实行双向选择，择优、竞聘上岗。编外人员进入流动站，期间只享受下岗职工相应待遇。
1993年初，成立了三诚科技服务中心，范绍国副所长兼任公司总经理，汪培武任常务副总经理，分流人员70余人。将招待所、食堂、维修队、工厂、车队等划归三诚科技服务中心，实行企业化管理，分块承包、自主经营、自负盈亏。
●规范管理
为了适应社会主义市场经济和推动现代科研管理体制的发展，所领导把科学化、规范化、民主化管理作为一件大事来抓。分别制定了科研、开发、人事、保密、档案、考核、奖惩、教育、安全、管理等各类规章制度127项，逐步形成了一整套比较完整的适应形势发展要求的规章制度，并汇编在化冶所每年的年报中。与此同时,根据需要和可能每年为职工办几件群众关心的实事和好事已形成惯例。这些，对于加强研究所的管理和运行，保证改革的深化，调动职工的自觉性、积极性和依法治所起到了重要作用。
5.3 注重学科交叉，形成特色和优势
化冶所从事的工程化学研究是为许多过程工业服务的共性学科。因此，能够不断地根据国家的需求和学科发展的新趋势，调整自己的研究对象，及时把研究领域拓展到国家急需发展的生化、资源环境、材料、能源等重点领域，承担的国家攻关任务和基础研究项目逐年递增。努力寻找化学工程与其它学科的新结合点，注重学科交叉，在多相反应与分离技术及放大方面形成了自己的特色和优势。为国民经济可持续发展做出了贡献。如：
●在散式/聚式、无气泡气固接触、超临界流态化研究领域处于国内外领先地位，荣获“国际流态化成就奖”、“何梁何利基金科学与技术进步奖—化学奖”等，国内外同行专家认为系“独树一帜，自成学术体系”。“无气泡气固接触”荣获1989年中国科学院自然科学一等奖。
●在胺类溶剂化萃取机理、相转移反萃机理、新的萃取分离过程、水相破乳新概念等方面，处于国际先进水平，荣获“何梁何利基金科学与技术进步技术科学奖”等。“青霉素生产中新型高效破乳剂的研制及应用”，为生物分离提供了新破乳剂，获“发明专利”和“国家科技进步三等奖”；自办实体，产品占领了全国80%的市场。“铬盐行业的清洁生产工艺研究”，首次将气、液、固三相反应器应用于铬的清洁生产，成果达到国际领先水平，成为我国绿色化学示范工程。
●进行工程放大，加速科技成果的转化，是化冶所又一特色和优势。通过技术转让、技术入股、技术开发等多种形式向社会辐射，融入市场经济。“八五”期间，我所参与地方建厂近50余家，成功地将生物反应器、柠檬酸发酵、等离子体反应器、高效活性白土、湿法炼铅、转炉大流量喷头以及高炉生产在线控制等推广应用到生产中去。
5.4 战略定位，明确目标
1995年6月，所领导班子换届，谢裕生继任所长，李洪钟任党委代理书记兼副所长，李静海、刘会洲、罗世民任副所长，欧阳藩任所学术委员会主任，陶昌源任所长助理。
1997—1998年，中国科学院在全院范围内开展了研究所的分类定位工作，院委派专门机构根据研究所产出和可持续发展能力等基础指标，对各所做出“诊断性评估报告”。院各专业局根据其所在技术口评议、排队，确定各所的相对位置。优胜者成为基地型研究所，将获得国家择优支持。另外则有部分研究所划归地方管理。分类定位实际上是中国科学院研究所优胜劣汰的瘦身计划，对各所都是一次严峻的考验。
1998年7月27日，化冶所向中国科学院呈报了“化工冶金研究所定位报告”。化冶所定位为我国工程化学科学与技术研究及创新的研究所。注重化工与其他学科交叉，研究物质进行物理、化学及生物转化过程中的工程科学和关键技术问题，致力于建立化工过程量化设计、放大和调控的方法与理论，为国民经济可持续发展提供高效、低耗及环境友好的相关科学技术。
1998年10月29日，中国科学院高技术局对化冶所的分类定位报告反馈了评议意见，认为化冶所“长期从事冶金物理化学和化学反应工程的研究与开发，在流态化技术、湿法冶金等方面形成了自身的特色与优势。根据学科发展和国民经济发展的需求，将学科方向确定为工程化学，创新重点——多相反应、分离技术和放大技术。研究领域拓展到生化工程、材料化工、环境化工和能源化工四个领域，形成了以多相反应工程和分离科学与工程为主线，以四个领域为重点的战略布局是符合所的实际情况的。提出的‘成为我国工程化学科学与技术研究及创新的研究所’这一定位是合适的，将奋斗目标定为‘建设一支工程化学的国家队，并在该领域国际研究前沿占有一席之地，在国内达到一流水平’，经过努力是有望达到的。”
通过分类定位，我所被中科院认定为高技术研究与发展基地型研究所。至此，化冶所学科方向、研究领域、特色优势、战略定位、发展目标都有了清晰明确的描述，为研究所的发展创造了有利条件。此期间中科院对我所综合绩效评价连续四年为A ; 三次获院授予的科技改革和发展优秀奖。
